在纳米无痕双眼皮手术的过程中一般是不会感觉痛的，因为纳米无痕双眼皮手术之前需要打麻醉的，医生的经验相对都是比较丰富的，一般经验越丰富，纳米无痕双眼皮手术越不会有疼痛感。但是在打麻醉的时候可能有一点痛。
手术的时候保持仰卧位，轻闭双眼，医师将重睑线宽度及形态标出。然后会在所设计好的重睑线上标出多个定位点。每个定位点约1mm宽，定位点使可以帮助医生在治疗时更好地掌握缝线的准确度的作用。医师将重睑线宽度及形态标出，再次确定重睑线的高度及形态。
医生将按照标记埋线，求美者在缝线的时候眼皮会因受刺激而流泪，但是没有明显的痛感，只会感觉到眼皮沉重，麻麻的。在这个步骤中需要求美者不断地睁眼闭眼，以便医生及时观察纳米无痕双眼皮效果。求美者要保持冷静、清醒，与医生及时沟通，反馈自己的感觉，配合医生的要求才能将纳米无痕双眼皮做好。
正规机构做的的纳米无痕双眼皮线，使用的是可以被人体吸收的双眼皮线。包括有普通手术用线、进口的高分子尼龙线、进口材料PC(聚碳酸酯)、美国进口的3D线等。这些线对人体均无害，但维持时间均有不同。
